这个问题需要补充完整：为什么在神奇宝贝图鉴排名里妙蛙种子排第一？
因为《宠物小精灵》动画的原型是经典掌机游戏《口袋妖怪》，游戏里最经典的玩法就是收集神奇宝贝图鉴，而在动画里“图鉴”则是作为神奇宝贝训练师最重要的道具之一，正因为神奇宝贝图鉴的重要性，所以很多人也会对图鉴里的“编号排名”感到好奇，「NO.001」的位置更会犹如“XX之最”的系统评价一般令人在意。
图鉴001的编号总会令人与“初始”联系起来，绝大部分人的第一想法会是“第一只设计出来的神奇宝贝”，其实在十年前我几乎也是认为图鉴里的顺序就是神奇宝贝的设计顺序，当然，后来证明了这个想法是错误的，这里可以顺便普及一个《宠物小精灵》的小彩蛋，第一只设计出来的神奇宝贝其实是「铁甲暴龙」而不是图鉴001的妙蛙种子。
正如题主所说，妙蛙种子既不是最强也不是最萌，人气也比较一般，甚至也不是首个设计的神奇宝贝。但是官方却舍弃更具说服力的代言“皮卡丘”转而将妙蛙种子放在图鉴首位？所以“图鉴”的排名并非以“重要性”来排列，真正的排列顺序是以游戏里“玩家接触到的神奇宝贝顺序”而定，动画也延续了这个设定。
神奇宝贝出场顺序之“御三家”
提到神奇宝贝的出场顺序就不得不提到“御三家”，神奇宝贝每一世代官方都会推出新的“御三家”，所谓的“御三家”也就是《宠物小精灵》里每一部提供给刚满十岁的新手训练家使用的神奇宝贝，而每一次的出场都是以“草系-火系-水系”的顺序。
例如第一世代的御三家是“妙蛙种子、小火龙、杰尼龟”，第二世代则是“菊草叶、火球鼠、小锯鳄”。对应每一世代，御三家之草系神奇宝贝总是在第一个，所以图鉴编排也是以「草系及进化形态」到「火系及进化形态」再到「水系及进化形态」的顺序排列。
在动画里，提供给新手训练家的神奇宝贝球摆放位置也遵循了现代阅读习惯，从左至右依次摆放的正是“草系-火系-水系”的初始神奇宝贝。另外，在第一世代动画中，小智收服御三家神奇宝贝时也是按照“草系妙蛙种子、火系小火龙、水系杰尼龟”的顺序。
妙蛙种子是官方最期望新手选择的神奇宝贝
虽然妙蛙种子并不是第一个设计的神奇宝贝，但是从种种迹象来看，它应该是官方最希望新手选择的神奇宝贝，所以排在图鉴首位也就不难理解了。
在游戏版里，第一个道馆是小刚的岩系道馆，第二个道馆是小霞的水系道馆，所以结合前两个道馆来看，在神奇宝贝匮乏的游戏前期选择草系的妙蛙种子是最为有力的，而妙蛙种子也是初始神奇宝贝中没有进化就拥有“双属性”的神奇宝贝，这一点在战斗上绝对能够大大提高优势。
在漫画版里，除了小智本身带着的蚊香蛙，第一只收服的神奇宝贝也是妙蛙种子，无论是哪个版本，《宠物小精灵》都是以妙蛙种子作为开始，也许当时官方也是将希望寄托于“神奇宝贝”这一粒种子之上，然后与我们一起共同见证着它的成长。
所以，妙蛙种子做为神奇宝贝图鉴排名NO.001除了遵从御三家属性设定之外，最重要的理由也许就是「希望」吧。
、特性效果：对战中，出场时变为队伍中最后一只有战斗能力的神奇宝贝的样子，受到攻击技能伤害则恢复原形。索罗亚克（日文︰ゾロアークZoroark，英文︰Zoroark）日本任天堂公司开发的掌机游戏系列《口袋妖怪》中登场精灵的一种，首次出现在第五世代游戏《口袋妖怪黑白》中，剧情角色N的代表性PM。
是《神奇宝贝》
小火龙，日本任天堂公司发行的掌机游戏系列《精灵宝可梦》（国内常称“口袋妖怪”）中登场精灵的一种，首次出现于第一世代游戏《精灵宝可梦：红/绿》。
它尾巴上的火焰能够表现出它的情绪。当它开心时，火焰会摇曳。如果它被激怒，火焰就会猛烈地燃烧。生下来的时候，尾巴上就有火在燃烧。当尾巴上的火熄灭时，它的生命就结束了。
《神奇宝贝》是由汤山邦彦执导，1996年开始在电视上播放的动画及相关电影、短篇集、放送局和特别篇的统称。主要剧情是讲立志成为神奇宝贝大师的小智，和皮卡丘一起踏上旅途。一路上，小智邂逅了不少同伴、劲敌、好友，和他们展开了一次又一次冒险。目前神奇宝贝系列动画有四部：《神奇宝贝无印》、《神奇宝贝超世代》、《神奇宝贝钻石与珍珠》、《神奇宝贝超级愿望》《神奇宝贝XY》。女主角变动为：第一部为小霞；第二部为小遥；第三部为小光；第四部为艾莉丝；第五部为瑟蕾娜和尤莉卡男二号变动为：第一、三部为小刚；橘子联盟篇为小建；第二部为小胜、小刚；第四部为天桐；第五部为柠檬。