掌机小精灵（又称神奇宝贝）系列以其丰富的游戏性和迷人的世界观闻名。除了众所周知的主线剧情外，游戏中还隐藏着许多鲜为人知的支线剧情，等待玩家发掘。
岩系道馆的秘密
在关都地区，岩系道馆的馆主小刚拥有一个特殊的秘密。玩家在击败小刚后，可以在地下室找到一块奇怪的石头。用挖土化石机挖掘这块石头，可以获得化石盔或菊石兽化石。
幽灵塔的幽灵
关都地区的幽灵塔隐藏着许多神秘事件。玩家在塔内会遇到各种幽灵，包括不存在于图鉴中的幽灵。在塔的顶端，玩家可以找到传说中的幽灵系宝可梦耿鬼。
真新镇的秘密
玩家出生的小镇真新镇也隐藏着秘密。在真新镇的森林中，玩家可以找到一只神秘的喵喵。与这只喵喵交谈后，它将告诉玩家关于基地位置的信息。
彩京市的谜题
关都地区的彩京市充满了谜语和难题。在市的角落里隐藏着一条秘密通道，通往地下。玩家可以在中赢得各种稀有物品和宝可梦。
月见山的秘密
在城都地区，月见山是传说中拥有神秘力量的地方。在山的深处，玩家可以找到传说中的龙系宝可梦快龙。相传，只有心怀纯洁的人才能与快龙相遇。
这些隐藏剧情为掌机小精灵世界增添了一丝神秘色彩，鼓励玩家探索游戏世界的各个角落。通过挖掘这些秘密，玩家可以获得稀有的物品、结识神秘的宝可梦，并解开游戏中的谜团。